Οι ομάδες έργου για τα δύο Υποέργα που αποτελούν την Πράξη έχουν ως εξής: 

Α. Υποέργο 1 

H διοίκηση του υποέργου πραγματοποιείται από τον Ειδικό Λογαριασµό του Πανεπιστηµίου Κρήτης (ΕΛ Π.Κ.) σε συνεργασία µε τον Επιστηµονικό Υπεύθυνο  του Έργου (ΕΥ). O Επιστηµονικός Υπεύθυνος (ΕΥ), Καθ. Χ. Λιονής, συντονίζει και διευθύνει επιστηµονικά το έργο. Ο ΕΥ ορίζει Επιστηµονική Επιτροπή (ΕΕ), ως συµβουλευτικό όργανο, η οποία συγκροτείται από τους Χ. Λιονή, Καθηγητή Κοινωνικής &ωΟικογενειακής Ιατρικής, Α. Μαρκάκη, Μέλος ΕΕ∆ΙΠ Πανεπιστηµίου Κρήτης, ∆ιδάκτωρ του Πανεπιστηµίου Κρήτης, και Ι. Φραγκιαδάκη, Υπεύθυνος Λειτουργίας Κέντρου Μεταφοράς Τεχνολογίας & Ανάπτυξης Πανεπιστηµίου Κρήτης. Η Επιστηµονική Επιτροπή ορίζεται επίσης και ως επιτροπή επιλογής προσωπικού. Πρόεδρος της Επιτροπής είναι ο Επιστηµονικός Υπεύθυνος του Έργου.

Το συνολικό σχήµα οργάνωσης και διοίκησης του έργου έχει ως εξής:

    Ειδικότερα:

Β. Υποέργο 2. 

H εταιρεία ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ Σύμβουλοι Επιχειρήσεων Α.Ε., σύμφωνα με την από 22/04/2015  υπογραφείσα σύμβαση, κατόπιν ολοκλήρωσης ανοιχτού διεθνούς διαγωνισμού, έχει αναλάβει και υλοποιεί για λογαριασμό του Παν. Κρήτης το έργο «Εφαρμογή του Νέου Μοντέλου Λειτουργικής Διασύνδεσης" στα πλαίσια του Έργου «Λειτουργική Διασύνδεση Φορέων Πρωτοβάθμιας Φροντίδας Υγείας με τις Μονάδες Υγείας με τη Χρήσ Ενιαίων Προτύπων Ποιότητας- Διαδικασιών». 

Η εταιρία ΔΙΑΔΙΚΑΣΙΑ ΣΥΜΒΟΥΛΟΙ ΕΠΙΧΕΙΡΗΣΕΩΝ Α.Ε. ιδρύθηκε το 1995 με σκοπό την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών σε επιχειρήσεις και οργανισμούς του Ιδιωτικού και Δημόσιου Τομέα. Με συνεχή προσπάθεια για παροχή Υπηρεσιών υψηλής ποιότητας και με σεβασμό στις ανάγκες του πελάτη, η εταιρία καθιερώθηκε μεταξύ των κορυφαίων στο χώρο των Συμβούλων Επιχειρήσεων.

Οι ομάδες έργου είναι υπεύθυνες για την παροχή υπηρεσιών επιστημονικής υποστήριξης εκτέλεσης του έργου και για την τεχνική και διοικητική υποστήριξη των υπηρεσιών, την υλοποίηση των αντίστοιχων ενοτήτων εργασιών και την οργάνωση και εκτέλεση της εσωτερικής και εξωτερικής επικοινωνίας με τους εμπλεκόμενους φορείς. Στις αρμοδιότητες τους εντάσσονται μεταξύ άλλων ο σχεδιασμός, η οργάνωση, η εφαρμογή, η διαχείριση των δράσεων, η παροχή συνεχούς υποστήριξης στο έργο, η σύνταξη των παραδοτέων του έργου, η ενημέρωση για την πορεία υλοποίησης του έργου και τη διαχείριση των εκκρεμοτήτων- προβλημάτων, η συμμετοχή στις συσκέψεις εργασίας και προσκόμιση του απαραίτητου υποστηρικτικού υλικού, η εκτέλεση όλων των απαραίτητων εργασιών για τη διαχειριστική και τεχνική υποστήριξη του έργου και η τήρηση αλλά και η διαχείριση αρχείων και όλου του υλικού τεκμηρίωσης.

Η συνολική δομή Οργάνωσης και Διοίκησης του Έργου που προτείνεται για την εξασφάλιση της επιτυχημένης υλοποίησής του, παρουσιάζεται στο ακόλουθο σχήμα το οποίο περιλαμβάνει τις ακόλουθες οντότητες Διοίκησης:

• Επιτροπή Παρακολούθησης και Παραλαβής Έργου
• Επιτροπή Συντονισμού
• Επιστημονικός Υπεύθυνος Έργου
• Υπεύθυνος Έργου
• Αναπληρωτής Υπεύθυνος Έργου
• Υπεύθυνος Διασφάλισης Ποιότητας
• Ομάδα Έργου 
• Ομάδα Εμπειρογνωμόνων

Το σχήμα Διοίκησης Έργου με τη συμμετοχή των αντίστοιχων στελεχών παρουσιάζεται στο ακόλουθο σχήμα: